内控制度应当服务于企业发展的战略目标，与战略目标同步。当经营模式发生变化，战略目标调整后，有的企业的内控制度往往会跟不上企业变革的步伐，很难适应企业发展，不能与时俱进，使得企业在面对新问题时没有应对措施，面临风险。

成本效益原则要求合理权衡成本和效益的关系，内部控制程序的设计、实施、运行成本不应该超过预期的收益，追求控制的效率和效果。有些企业在设计内部控制时会出现两个极端：一是过度节省成本，对重要业务事项，关键岗位人员以及高风险业务领域也没有投入必要的控制成本；二是过度追求控制效益，控制环节和控制措施格外严密复杂，执行难度大，控制成本过高。

内部控制不仅仅是财务部门的职责，也需要业务职能等部门的协同配合，才能实现预期的控制效果。有的企业由于认识上的错误，自身能力的约束以及企业文化等原因，往往出现只有财务部门抓内控的情况，部门之间的协作效果不佳，内控效果不理想。

很多时候，内控制度表面看起来非常完美，但实际上制度几乎成为摆设。有制度执行不好，可能比没有制度还糟糕，因为这让被管理者对制度产生藐视态度，给公司管理带来更大的阻力。内控制度要与生产经营活动紧密相连，让制度真正解决问题。