应在坚持“分支机构预缴，总机构清算”模式的基础上，遵循有利于税收管理、最大限度方便纳税人和增值税消费地课税的原则，对纳税人总分支机构增值税缴纳方式进行优化。从某种意义上说，总分支机构增值税缴纳方式的问题已经超出了增值税制度本身，很大程度上是一个财政问题。在当前分税制财政体制下，尤其应注意平衡好总分支机构所在地政府之间的财政利益。

　　对纳税人总分支机构增值税缴纳方式的制度安排事关增值税制度能否有效运行。在当前深化增值税制度改革中，必须高度关注这一领域制度的优化。

　　纳税人总分支机构现行增值税缴纳方式
　　我国现行增值税暂行条例和营业税改征增值税试点实施办法对增值税的纳税地点确定了在固定业户的机构所在地纳税的总原则。同时进一步明确规定：总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当向各自所在地的主管税务机关申报纳税，而经国务院财政、税务主管机关或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。为解决在汇总纳税过程中客观存在的税收由企业分支机构所在地区向企业总部所在地区转移的问题，在具体实施时大多采取“分支机构预缴，总机构汇总、清算”的办法。

　　从当前的具体实践看，采取这一纳税方式的有以下四种情形：一是1994年增值税制度改革以来对国家电网系统的发电、供电企业采取分支机构按预征率预征，总机构清算的办法(在实施过程中不少省市改为按销售收入比例分配的办法)。二是对采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营的连锁经营企业采取分支机构预缴、总机构清算的办法。如在1994年增值税改革之后，经省级财政、国税机关批准，先后对成品油经营、连锁经营等商业零售企业采取了分支机构预缴，总机构清算的办法。三是营业税改征增值税试点后，经财政、税务机关批准，服务业总分支机构增值税的缴纳方式可采取分支机构预缴、总机构汇总、清算的办法。对铁路、航空等纳税人的增值税缴纳由财政部、国家税务总局直接明确采取分支机构预缴，总机构汇总、清算的办法，并明确具体的预征率为1%;对电信、邮政、银行、保险、证券和餐饮等服务企业经财政、税务机关同意采取分支机构预缴、总机构清算的办法，但分支机构预缴的方式各异。对电信、邮政企业采取的是分支机构按月依预征率预缴、总机构按季汇总、清算的办法，对其他企业则没有规定具体的预征方式是采取预征率法还是销售收入分配法。四是营业税改征增值税试点对建筑业跨地区施工明确规定，按照试点政策规定的纳税义务发生时间和计税方法，采取依2%的预征率向建筑服务发生地主管税务机关预缴税款，总机构清算的办法。

　　现行缴纳方式需进一步改进的方面
　　我国现行的总分支机构纳税人增值税纳税地点与缴纳方式总体上符合税收管理的基本原则，也较好地兼顾了总分支机构所在地政府的财政利益。但由于增值税改革是一个逐步扩大征收范围的过程且相关行业经营情况在不断变化，故现行的增值税纳税地点与缴纳方式逐渐出现了一些值得重视的问题，主要体现在以下几个方面：

　　对电信业、邮政业等营业税改征增值税的纳税人采取分支机构按月依预征率征税，总机构以一个季度为纳税期限进行清算的方法，导致纳税人留抵税款数额巨大。就电信行业而言，近年来网络改造与新建的投入较大，在增值税扩大进项税额抵扣范围的政策下抵扣规模大幅度增加。加之因适用11%税率的基础电信业务与适用6%税率的增值电信服务的收入结构的不断变化(基础电信与增值电信业务收入比例由营业税改征增值税之前的大约为50∶50到目前的大约为20∶80)，带来销项税额增加缓慢，预征率虽多次下调但依然不断出现大量的留抵税额，增加了纳税人资金成本。

　　建筑业采取建筑服务发生地预征增值税模式下，预征率偏低成为一些地方的区县政府基于争保税源动机而强行干预建筑施工企业改变内部管理体制的借口之一。营业税改征增值税初期，采取在建筑服务发生地按预征率进行预征的办法。由于总机构往往地处经济较为发达的城市，增值税税源一定程度上向总机构所在地转移。之后，一些地方的区县政府基于对财政收入的迫切追求，要求建筑施工企业在诸多建筑服务项目所在地成立分公司或子公司，实现在当地单独缴纳增值税。这严重影响了企业正常经济活动的开展，影响市场资源配置的效率，不利于构建统一开放、公平竞争的市场秩序。

　　“分支机构预缴，总机构汇总、清算”模式下，总机构无增值税税款分配或分配规模不稳定，也在一定程度上影响到总分支机构所在地区县政府之间的财政利益的合理分配。采取分支机构按照销售收入比重分配税款的，总机构无法分配到税款。采取分支机构按预征率分配税款的，总机构往往不是出现大量的留抵税额而无税款可以分配，就是出现大额的入库税款，导致总机构所在地增值税分配的不确定性。正是基于上述背景，一些总分支机构所在地区县政府对财政收入的迫切期盼致使纳税人常常处于两难的境地。

　　总分支机构增值税缴纳方式的制度规定分散于一系列增值税法规和具体的管理规定以及相关政策文件之中。对各种情形的规定尚不够一致，尚未形成全面、统一和系统的管理制度。

　　优化增值税缴纳方式的建议
　　对纳税人总分支机构增值税缴纳方式的确定应遵循以下三个原则。第一，有利于税收管理的原则。即对税源能有效进行控管，避免税款流失。第二，最大限度方便纳税人的内部核算与管理的原则。不至于因增值税纳税地点和缴纳方式的确定而带来较大的困难。第三，增值税消费地课税的原则。应从税源分配上体现地方政府取得税收与其对消费者提供的公共服务的匹配。从某种意义上说，总分支机构增值税缴纳方式的问题已经超出了增值税制度本身，很大程度上是一个财政问题。在当前分税制财政体制下，尤其应注意平衡好总分支机构所在地政府之间的财政利益。因此，对总分支机构增值税纳税地点和缴纳方式的处理应在坚持现行“分支机构预缴，总机构清算”模式的基础上，按上述三个原则从如下方面进行优化。

　　对除建筑业外的所有行业的总分支机构统一采取按月依照销售收入比例法分配各分支机构税款的制度。取消铁路、航空、电信及邮政等按预征率在分支机构缴纳增值税的做法，改为按月将应缴纳的增值税按照各分支机构应税销售收入占纳税人销售收入的比重分配并在各分支机构所在地缴纳增值税。这就有效解决了因纳税人增值税税负率波动、预征率难以准确确定所带来的较多留抵税额的问题，切实保障纳税人的权利。

　　适度提高建筑业建筑服务项目所在地的增值税预征率。囿于建筑施工企业的特征，不宜对其采取按收入比例分配增值税的做法。维持在建筑服务项目所在地预征增值税应是当前的唯一选择。但可适度调高增值税的预征率，杜绝一些区县政府因对直接财政利益的过分追求导致的对企业生产经营的干预。

　　对总机构先行分配一定数额的增值税。为处理好总机构所在地区县政府的财政利益，对总机构应根据一定的方法先行分配一定数额的增值税，比如根据要素法按职工人数、固定资产金额等所占比重进行税款分配，再对纳税人应纳增值税总额扣除总机构应分配税款后的余额按照销售收入比例法分配各分支机构应缴纳的增值税。

　　在进行增值税立法的同时，考虑制定总分支机构纳税人增值税的缴纳制度。对总分支机构之间增值税的分配原则、缴纳方式、增值税进项抵扣、税款清算和相关涉税信息的传递等作出明确的规定，以规范纳税人总分支机构增值税缴纳的管理。