作为高新技术企业，在销售、进口货物以及提供增值税应税劳务等环节，都必须依法交纳增值税。这样就面临纳税人身份的选择，是选择一般纳税人呢，还是小规模纳税人，笔者认为选择小规模纳税人是更明智的选择。 
    一、产品附加值较高，增值空间大 
    高新技术企业的产品多为高附加值产品，毛利空间的可达60%以上，以此计算，如果作为一般纳税人，以17%的税率计算，其税负达到10%以上。 
    二、企业可抵扣的进项税范围较窄 
    高新企业产品作为高附加值产品，其原料比重较低，准予抵扣的进项税额较少。而人工费用，购入的专利权、非专利技术等无形资产，都无法取得可抵扣的增值税专用发票，又加重企业税收负。 
    三、小规模纳税人征收率仅为3% 
    根据最近新修订的增值税条例，对小规模纳税人不再设置工业和商业两档征收率（6%和4%），将征收率统一降低至3%.同时也对小规模纳税人标作了调整，将工业和商业小规模纳税人应税销售额标准分别从100万元和180万元降为50万元和80万元。该项规定的调整，无疑大大减轻了中小型高新技术企业，尤其是初创期的高新技术企业的税负。 
    四、小规模纳税人，会计成本更低 
    企业在目前的经营规模下，实现由小规模纳税人向一般纳税人的转换，必然要增加会计成本。如增加会计账簿，培训或聘请相对高级的会计人员等。如果小规模纳税人由于税负减轻而带来的收益尚不足以抵减这些成本的支出，则宁可保持小规模纳税人的身份。